造成指甲分层的原因包括局部外伤、甲真菌病、甲母痣或色素问题、营养缺乏以及银屑病、贫血等全身疾病，多数为良性，少数黑线需警惕肿瘤，以下结合各自特点具体说明。
1、甲真菌病（灰指甲）
皮肤癣菌等真菌感染甲板，使指甲增厚、发黄发灰、变脆、浑浊、表面凹凸、甲下碎屑，可从一个指甲逐渐传染多个。需真菌镜检确诊，外用阿莫罗芬搽剂，严重者在医生指导下口服伊曲康唑。
2、甲母痣与甲下色素
甲母质的色素痣可形成一条边界清楚、颜色均匀、宽度稳定的褐色纵纹，多为良性。若黑线短期内变宽、颜色不均、边界模糊，或甲周皮肤也发黑、破溃，要警惕甲下黑色素瘤，应尽快皮肤科就诊。
3、营养缺乏或全身因素
缺铁性贫血可致匙状甲、指甲变薄易裂；缺乏蛋白质、锌、钙和维生素A、B族可出现竖纹、白点、生长缓慢。过度疲劳、熬夜也会让竖纹更明显，可查血常规和微量元素后针对性补充。
4、皮肤病或系统性疾病
银屑病（牛皮癣）可致指甲顶针样凹陷、甲分离、油滴样改变；湿疹、扁平苔藓也会影响甲板；心肺疾病、甲减等可使指甲变色、变形。这类情况需治疗原发病，由皮肤科结合全身情况判断。
5、局部外伤或挤压
指甲受碰撞、挤压，或频繁美甲、抠甲，会损伤甲母质，使长出的指甲出现白点、横纹、纵嵴或小淤血，随指甲生长逐渐前移消失。应避免再次损伤，一般无需特殊处理，数月可随剪甲去除。
出现指甲分层后可先观察是否有明确外伤、是否随指甲生长移动。多个指甲同时增厚变色多为真菌感染，应做真菌检查；单条黑线变化明显则要尽快就诊排查，不要自行刮除或涂药掩盖。