综合外科是集临床、教学、科研一体的学科，包括肛肠外科和乳腺外科2个专业。肛肠外科是北京肛肠学会的日常办公地，科主任杨士斌主任医师担任北京肛肠学会副会长。科室始终坚持以病人为中心，坚持无痛微创的手术理念，在痔、肛裂、肛瘘、肛周感染、直肠粘膜脱出、出口梗阻型便秘等方面，采用微创技术和中西医结合疗法相结合的特色疗法进行治疗，尤其在合并白血病的肛肠疾病手术方面处于全国领先水平，每年收治全国各地及北京各大医院白血病合并肛周疾病需手术患者百余例，科室2017年起开展“无痛病房”建设，所有患者均给予规范化的无痛管理。手术方法包括有：内外痔的切除、药物注射、内痔套扎、铜离子电化学治疗、肛瘘切除、肛裂切除、肛周脓肿切开引流等;以及治疗复杂肛周疾病应用的跳跃式接力切开短程挂线，异体真皮置入治疗复杂肛瘘、CORE技术治疗混合痔、PPH及STARR手术治疗重度脱垂痔、STARR手术治疗直肠粘膜脱垂、穴位加强埋线治疗便秘等等。在乳腺外科方面开展了乳腺癌保乳根治术、乳腺癌前哨淋巴结活检术、乳管镜检查术、乳腺微小肿物定位活检术、中西医结合治疗肉芽肿性乳腺炎等多项代表国内外先进水平的诊疗技术，并在乳腺肿瘤成形术和乳腺重建术方面进一步拓宽发展。