基础医学研究中心面积1000余平方米，实验室始建于1998年，2003年被批准为山东省移植与组织工程技术研究中心，2009年通过省工程技术研究中心验收、2017年省工程技术研究中心评估为优秀等级。2011年由山东省科技厅批准建立济南市肿瘤防治靶向分子研究重点实验室-省市共建重点实验室培训基地。中心有在职职工9人，博士6人，硕士3人，博士生导师1人，硕士生导师4人。本中心是以医学基础研究为特色，承担国家级、省级重大科研任务，开展国内外学术交流与合作，仪器设备开放与共享的科研教学平台。基础医学研究中心可开展分子生物学、分子病理学、细胞生物学、生物信息学等研究。实验室设备齐全、先进，主要大型设备有激光共聚焦显微镜、质谱成像仪、流式细胞计数仪、离子成像系统、低温超速离心机、实时荧光定量PCR仪、小鼠超声仪，以及其他常规精密实验仪器，建立了涵盖基础医学研究主要领域的一系列技术平台。医院提供了本中心所需的全部科研配套设施和消耗材料，实验室空间和设备条件可满足课题的要求。基础医学研究中心实行大型仪器预约等"制度化、规范化、专业化、科学化、标准化"管理模式，保障各项工作严格、规范、高效、合理进行。基础医学研究中心将致力于基础研究成果向临床应用的转化，为显著降低心血管病、肿瘤等疾病的死亡率，构建和谐社会和服务地方做出贡献。