菏泽市立医院消化内科是山东省卫健委重点学科，菏泽市卫建委重点专科，拥有一支经验丰富的专业学术团队，同时也是山东省优质护理服务示范工程示范单位，拥有一支具有良好职业素质的护理队伍，科室现有医护人员68人，其中主任医师3名、副主任医师3名、主治医师12名、住院医师9名，其中硕士研究生学历16名，主管护师9人，护师及护士31人，科室在消化系统疾病的诊断和治疗方面有较强的综合实力，是全市消化专业治疗、教学、科研和预防保健的中心。消化内科病房现设两个病区，共开放床位80张，消化内科专家门诊每年诊疗52400余人次，消化内科病房诊疗3400余人次，消化内镜室拥有先进的电子胃镜、电子结肠镜、胶囊式小肠镜、电子十二指肠镜、超声内镜及相关治疗设备。每年内镜下诊治病人18000余人次，科室先后开展了近20项诊疗技术，如：胃肠道息肉内镜下高频电切除，胃肠道恶性肿瘤瘤体局部药物注射化疗，食道贲门良、恶性狭窄的扩张及支架置入、消化道异物取出术、内镜下逆行胰胆管造影术（ERCP）、鼻胆管引流术、内镜下胆道扩张、乳头肌切开术、胆道碎石石取石术、胆道支架置入术、超声内镜检查、内镜下食管下层肌切开术（POME）、内镜粘膜下剥离术（ESD）、内镜粘膜切除术(EMR)、食道曲张静脉硬化治疗、套扎治疗、胃底曲张静脉组织胶注射术、小肝癌B超引导下无水乙醇注射术、肝囊肿肝脓肿B超引导下穿刺治疗、胃肠道肿瘤腹腔内化疗、阻塞性黄疸经皮肝穿胆道内引流术、肝癌的栓塞化疗（TACE），及呼气试验诊断胃幽门螺杆菌等。