菏泽市牡丹人民医院儿科是医院的特色科室，始终处于菏泽市龙头地点，儿科始终把创新医疗技术、服务广大患者作为科室的首要任务，并在医学研究方面的多个领域取得了重大突破。儿科在医疗技术、学术研究方面享有盛誉，已达到市级先级水平。科室拥有四个病区，共有床位260张，医生29人，护士61人，其中主任医师3人，副主任医师6人，年门诊量4万人次，出院病人1万人次，在菏泽市享有较高知名度。高素质、高学历、高水平的医护人员成为儿科的一大优势，拥有结构合理，素质优秀的人员梯队。儿科下设病区主治消化、内分泌、循环、呼吸、血液、神经系统等疾病，配备婴儿高压氧室，并于2010年成立了新生儿重症监护室（NICU）。该监护室拥有先进的医疗仪器设备和训练有素的医护人员队伍，在李金凤主任的带领下，全体医护人员的勇于创业、积极进取的精神，在医疗、学业、业务方面取得了快速发展。新生儿重症监护室（NICU）设施一流，设有床位30张，拥有先进的高频喷射呼吸机、小儿CPAP、心电监护仪、新生儿黄疸治疗仪、保温箱、快速血糖仪、微量输液泵、空气消毒机，配备完善的中心吸引、中心供氧系统床边拍片机等，并与齐鲁儿童医院建立业务合作关系。成功抢救新生儿肺透明膜病，新生儿缺氧缺血性脑病，颅内容出血、硬肿症、呼吸衰竭、心力衰竭等重症病症，使重症新生儿得到了及时、安全、有效的监护治疗。儿科连续20年被评为医院"先进科室"、"先进党支部"，今后将在院领导的指导下，更加积极地开展"创先争优"活动，开展"三好一满意"，以更优质的服务报答周边区域的父老乡亲。