消化内科拥有医生32人，其中硕士生导师2人，教授1人，副教授5人，博士4人。现设消化病区、消化内镜诊疗中心和肝病诊疗中心，形成肝胆胰、消化内镜、胃肠三个亚专科。现与美国国立医学科学院联合肝病研究所合作成立济宁医学院中美肝病研究所，与首都医科大学北京佑安医院联合成立肝病研究所和肝病诊疗中心，并被授予全国肝胆病防治基地，与中国解放军总医院联合成立消化内镜培训基地。消化内镜诊疗中心设有胃肠镜室、超声室、ERCP工作间、苏醒室、清洗室、储镜室等。常规熟练开展食管及胃底静脉曲张套扎及注射治疗，ERCP系列治疗19项；食管、胃、小肠、大肠EFR、MBM、ESD、ESE、POEM、STER等16项；小肠镜诊疗，消化道肿瘤及早癌诊疗；超声内镜诊疗IDUS、穿刺活检等14项；双镜及NOTES等5项内镜技术，双镜联合技术为济宁地区首创。肝病诊疗中心设有专科门诊、病毒性肝病、药物性肝病、肝脏肿瘤、肝病营养、自身免疫性肝病、肝纤维化无创检查、人工肝治疗、肝病临床基础研究、内镜介入治疗、肝移植等多个小组，开展血浆置换、血液/血浆灌流吸附、血液透析、连续血液滤过/透析滤过、血脂净化等各型人工肝治疗。胃肠专科开展炎症性肠病、功能性肠病、消化道神经内分泌肿瘤的专病诊疗。学科带头人是王一波主任医师。