胃肠外科是鲁西南地区较早成立的集临床、医疗、科研、教学为一体的胃肠道疾病专业科室，拥有业务技术熟练、高素质、高水平的医疗服务队伍。根据学科发展需要，2016年12月16日胃肠外科分为胃肠外一科和胃肠外二科。胃肠外二科拥有编制床位29张，医疗人员共8人，其中主任医师1人，副主任医师3人，主治医师5人，博士1人，硕士6人；护理人员18人，副主任护师1人，主管护师3人，护师5人，护士9人。拥有高清腹腔镜、电子胃镜、电子结肠镜、直肠腔镜（TEM）系统等先进设备。特色技术如下：1.胃肠道肿瘤的规范根治手术：胃癌根治术及联合脏器切除术，结、直肠癌的经典根治手术及联合脏器切除术、低位直肠癌的保肛手术是科室的传统技术。2.胃肠道肿瘤的综合治疗：在手术的基础上开展胃肠道肿瘤的综合治疗，如新辅助化疗、术后辅助化疗、介入治疗等，提高了病人的治愈率和生存率。3.腹外疝的治疗：对切口疝、腹股沟疝、脐疝、复发疝等腹外疝采取无张力疝修补术，减少了复发率。4.肠内、肠外营养：将肠内和肠外营养应用到围手术期中，改善了病人的营养状况，降低了手术并发症发生率。5.肠瘘的治疗：对各种原因造成的肠瘘，根据病情采取充分引流、营养支持（肠内、肠外支持相结合），必要时手术治疗，取得较好疗效。6.腹腔镜、腹腔镜内镜联合等微创治疗技术，目前开展的微创手术有腹腔镜下胃癌根治术、直肠癌根治术、结肠癌根治术、腹股沟疝修补术、阑尾切除术、肠粘连松解术、胃十二指肠溃疡穿孔修补术及双镜联合手术等。7.直肠腔镜微创外科技术：经肛门内窥镜下直肠微创外科手术（TEM手术），具有创伤小、花费少、保留肛门和免除开腹等优点。每年承担济宁医学院等国内医学院校研究生、留学生、本科生理论和实践教学任务及住院医师规范化培训任务。2009年被山东省卫生厅评为全省卫生系统"两好一满意"示范集体。