肛肠科创建于2003年，现已发展成为鲁西南规模最大的肛肠专科、肛肠疑难疾病诊疗中心，中西医结合肛肠病诊疗独具特色，诊疗技术多元化，微创、微痛治愈肛肠疾病。拥有业务技术熟练、高素质、高水平的医疗服务队伍，其中医疗人员22人，主任医师1人，副主任医师6人；主治医师4人,住院医师5人；专职创面治疗医师5人；护理人员共24人;科室助理1人。科室配备有肛肠科疾病功能治疗区：内设换药室、熏洗室、直乙镜室；拥有红蓝光照射治疗仪、气压垫、电子直肠乙状结肠镜、自动灌肠机等先进设备。于2013年被评为全院无痛化管理示范病房。我院肛肠科系济宁市第五批中医药重点专科建设单位，被北京肛肠协会指定为大肠癌早期防治筛查中心、电子直乙镜技术研究与培训基地；2016年成立肛肠创面治疗师培训中心及全国创面修复专科联盟会员单位。目前承担及完成省级、市级科研立项各1项。学科带头人：孔令玉主任医师。