眼科是医院成立较早的专业特色科室，科室现有医疗人员共21人，其中正教授4名，副教授8名，博士2名，硕士10名；护理人员22人，其中副主任护师1人，主管护师10人，护师8人。目前科室白内障超声乳化术、准分子激光治疗屈光不正、复杂斜视矫正、复杂视网膜脱离，泪道疾病的微创治疗，眼部整形，角膜移植，青光眼引流阀植入等处于鲁西南领先地位，近年来又开展了弱视训练专科门诊。现科室共分6个亚专业（白内障、眼底外、青光眼、斜弱视、角膜病、眼部整形），年收治住院病人3000人次、年门诊量超9万人次、每年完成白内障手术近2000例，眼底玻璃体切除手术300余例，工作量名列全省前茅；科室荣获全省护理服务示范病房、"白内障无障碍市"扶贫救治基地等荣誉称号，2015年被列为山东省规范化培训基地、山东省重点建设专科，并承担济宁医学院研究生、留学生、本科生理论和实践教学及各种专科、全科医务人员培训。