乳腺外科是以乳腺肿瘤的诊断治疗为主的临床科室。现有病床45张，主任医师5名，副主任医师4名，主治医师4名，住院医师1名。2013年完成各种乳腺手术2400余例，其中乳腺癌手术约1800例。科室诊疗范围包括乳腺癌、乳腺叶状肿瘤、导管内乳头状瘤、纤维腺瘤等良恶性肿瘤及各种乳腺增生性病变的诊断治疗。该科室是全国最早开展乳腺癌保乳手术的单位之一，保乳手术率达30%。并在国内较早开展前哨淋巴结活检术及其临床研究工作，大大减少了腋窝淋巴结阴性的早期乳腺癌患者上肢淋巴水肿等并发症的发生率。针对无法实施保乳手术的患者，科室开展了全乳切除术后即刻乳房重建工作，进一步提高乳腺恶性肿瘤患者生存率，改善患者生活质量。科室是中国医学科学院北京协和医学院硕士、博士学位授权点之一，先后培养硕士生、博士生10余名，进修生数十名，是国家"十五"科技攻关、"十一五"科技支撑有关乳腺癌项目主持单位，与国外合作开展多项乳腺癌临床研究。