药学部下设门诊西成药房、中草药房、小包装饮片药房、中药配方颗粒药房、住院药房、急诊药房、感染性疾病科药房、骨伤医疗中心药房、社区药房、科研药房、药库、煎药室、临床药学室。近年来药学部注重规范化管理，旨在提升内涵建设;注重员工继续教育、岗位练兵，旨在提升自身专业素质;注重药师参与临床工作，旨在发挥药师在保证合理用药中的作用;注重药学文化建设，旨在增加药师凝聚力和对本职工作的热爱。近3年来，药学部共承担省部级课题5项，院级课题9项，参与国家级课题1项，省部级课题5项，发表论文30余篇，主编及参编论著8部。近年来科室建设方面获得荣誉：2015年中华全国妇女联合会"全国三八红旗集体"荣誉称号2015年国家中医药管理局"巾帼建功先进集体"荣誉称号2015年国家卫计委"改善医疗服务创新亮点优质服务岗"2014年中央国家机关团工委"五一劳动奖状"称号2014年共青团中国中医科学院委员会"青年文明号"2013年中华全国妇女联合会"巾帼文明岗"称号2012年国家中医药管理局直属机关"五四红旗团支部"药学专业方面获得荣誉：国家中医药管理局临床药学科国家中医重点专科培育项目北京市中医管理局示范中药房北京市药物警戒站北京市药品不良反应监测工作先进单位药学部的核心理念：施行仁术以尽慈善之义务依照药典以重病民之生命