病理科的主要任务是在医疗过程中承担病理诊断工作，包括通过活体组织检查、脱落和细针穿刺细胞学检查，为临床提供明确的病理诊断，确定疾病的性质。目前科室设备齐全，已装备进口全自动脱水机，石蜡切片机，全自动荧光显微镜，等先进病理设备，以及计算机病理图文和资料管理系统。病理科开展常规病理诊断，脱落细胞学检查，特殊染色等病理学诊断技术。开设病理诊断专家会诊，解决外院疑难病例的诊断和鉴别诊断，以及病理诊断知识咨询。病理科以严谨科学的诊断著称。肛肠医院病理科以胃肠道病理诊断为主，接受全国各地病理医师和技术员的培训进修。随着学科建设的不断深入，科室人才梯队趋向合理。科室现有医师3人，技术人员2人，其中副主任医师1名。