中国医科大学盛京医院新生儿外科是国内规模较大且技术专业较强的学科，是博士及硕士培养科室，并承担国家及省级多项资金课题研究，荣获国家及省级多项奖项。科室治疗病种涵盖新生儿期及小婴幼儿期各种先天畸形、肿瘤、感染、创伤及各种外科急症。擅长各种新生儿重症畸形的手术，成功进行联体儿分离手术，近年来成功进行危重胎儿的产时手术使高危畸形儿获救。近10余年来开展减创及微创手术，使许多疾病能通过自然腔隙完成手术而不在体表留下手术疤痕。如经肛完成先天性巨结肠根治术，经脐完成各种，腹腔肿物，肠道畸形等手术，胸腹腔镜完成各种消化道畸形手术，如膈疝、肠闭锁、高位肛门闭锁、肥厚性幽门狭窄、肠重复畸形、腹腔肿物等等，并且治疗效果及水平与国际接轨。新生儿外科现有专家4名。