应急总医院眼科是医、教、研三位一体的临床科室，目前科内人员中副主任医师2名，博士1名。眼科医疗设备精良，拥有各种现代化大中型检查及手术设备，如：德国海德堡眼底多功能影像诊断平台(OCT/FFA/ICGA)、IOL-master、超声生物测量仪(UBM)、眼科A/B超、意大利角膜地形图及干眼仪、德国蔡司全自动电脑视野计、美国非接触式眼压计、同视机、美国博士伦白内障超声乳化仪器、科医人532激光机、蔡司YAG激光机等，充分满足了眼科临床及部分科研的使用。眼科门诊除了开展眼科常见病、多发病如眼底病激光治疗、眼前节疾病激光治疗、眼底荧光血管造影及疑难病的诊治外，还进行医学验光配镜和角膜塑形镜的验配，开设了儿童及青少年近视、斜弱视的治疗训练室。此外开展了上睑下垂、眼睑内外翻矫正术及眼部整形美容手术。眼科住院部开展的手术有：白内障超声乳化摘除及人工晶体植入术、白内障青光眼联合手术、翼状胬肉切除联合角膜缘干细胞移植术、斜视矫正术、鼻腔泪囊吻合术、玻璃体注药术等。