应急总医院药学部按照《医疗机构药事管理规定》《药品管理法》，开展药事管理、药品供应、临床药学、药物临床试验等多种药学服务。参加卫生部和北京市药物使用监测网。药学部同时为药事管理与药物治疗学委员会办公室、国家药物临床试验机构办公室，下设调剂、供应、临床药学和药物临床试验等。药学部参加科技部支撑项目、职业病预防宣教、师资培训等。使用住院单剂量包装条形码核查发药系统，优化门诊患者取药流程，提高调剂效率,设立咨询和用药教育宣传板。药学部注重科室建设和人才培养，十年来引进药理学和药剂学博士4人，硕士3人;完成在职研究生学习4人;现有主任药师1名、副主任药师6名、主管药师12名。科室已培养临床药师5名，均取得中国医院协会颁发的临床药师证书。目前进入肿瘤内科、消化内科等提供实时药学服务，业务覆盖抗感染、癌痛管理、慢病管理、肾病治疗、抗凝管理等，解决临床用药相关问题。