应急总医院急诊医学科是处理各类内/外科急症的科室,能够提供心脑血管、呼吸、消化、创伤等专业24小时急诊服务。急诊医学科双层布局，设有专科诊室、抢救室、留观室、输液室、注射室，拥有急诊、呼吸科、神经内科、内分泌科等专业硕、博士多人。科室成立以来成功抢救包括心脏骤停、心律失常、急性脑梗死、脑出血、心肌梗死、心力衰竭、重症哮喘、肺栓塞、消化道出血、多发创伤等急危重症患者10000余例。在急腹症鉴别诊断、感染学、伤害防控、急诊体系学科建设、矿山医疗急救等有多项研究成果。在抗击非典、汶川特大地震救援、北京奥运会医疗保障中，急诊医学科均奔赴一线并获得表彰。2018年，牵头成立了急危重症与职业伤害救援区域医疗联盟，是区域急危重重症重要组成单元。