中心实验室为中国煤炭尘肺研究室，是国家安监总局确定的重点实验室，为应急总医院科研平台，同时兼临床实验室。主要从事科研和尘肺病染色体、微核检测工作，以及呼吸、肿瘤领域部分临床检测项目。实验室研究人员目前均拥有博士或博士以上学历。中心实验室实验大致分为：基础实验室、细胞实验室、显微镜室和流式细胞仪、ROSE实验室。主要仪器有各种显微镜包括荧光显微镜、光学显微镜、普通倒置显微镜等，流式细胞仪，各种离心机，电泳仪，凝胶成像系统，恒温培养箱，二氧化碳恒温培养箱，二级生物安全柜等，可开展多种分子生物学、细胞学及免疫学实验。中心实验室目前开展的临床检测项目有：降钙素原(PCT)检测、T/B淋巴细胞亚群检测、结核杆菌特异性细胞免疫反应(A.TB)、人淋巴细胞染色体畸变检查、人淋巴细胞微核检查以及介入呼吸病学ROSE系统。