2007年1月1日，医院成立内窥镜诊断治疗科，由原消化内科胃镜室和胸外科气管镜室及肺功能室合并而成。张笑娟任科室主任，科室在原门诊楼4楼东侧，科室有2名医生，3名护士，1名技师。2010年2月，李胜昔任科室主任。2015年1月，科室搬迁至新门诊楼4楼，更名为消化内镜中心。至2018年12月31日，共有医生10名，护士8名。科室聘请复旦大学附属中山医院内镜中心徐美东为客座教授，定期来我院进行技术指导。经内镜肠梗阻导管技术为科室特色技术，经内镜逆行胆总管造影（ERCP）、经内镜粘膜下剥离术（ESD）、消化道支架置入术、贲门失迟缓环形肌切开术（POEM）、肝硬化所致食管静脉曲张套扎术、硬化术、胃底静脉曲张组织胶粘合术等多项内镜技术达省内先进水平。二、新技术开展科室在主任李胜昔的带领下，采用"引进来、走出去"的学习方式，聘请复旦大学附属中山医院徐美东教授为客座教授，定期来院对疑难病例进行会诊及手术，并多次派出医护人员至国内外进修学习，提高了内镜中心整体诊治水平，开展多项内镜领域新技术，填补院内空白。