成立于1985年，是集消化内镜及呼吸内镜检查、诊断、治疗、科研和教学为一体的独立临床医技科室。现有主任医师2名、副主任医师1名、主治医师2名、住院医师1名，具有博士学位者2人，硕士学位者3人，博士后1人，在读博士1人，另有护理人员4人。年平均完成内镜检查13000余例，各种内镜下治疗7000余例，无痛内镜7000余人次。内镜中心现有OLYMPUS290胃肠放大染色内镜系统1套，OLYMPUS260胃肠镜系统3套，OLYMPUS260鼻咽镜系统1套、支气管镜2套，OLYMPUS纵轴超声支气管镜1套、OLYMPUS纵轴超声胃镜1套、超声小探头1套。OLYMPUS十二指肠镜1套。Fujin590胃肠镜及支气管镜系统1套。ERBEV3000消化内镜工作站1套，山东玉华电工作站1套。能开展多种内镜的临床治疗工作，如消化道及呼吸道息肉的切除、套扎；消化道粘膜下肿瘤的切除；消化道早期癌及其癌前病变的粘膜切除；消化道早期癌及其癌前病变的氩离子电凝(APC)治疗；消化道出血内镜下止血；消化道呼吸道异物取出术；经内镜胃肠管置入术；食管狭窄扩张术；超声胃镜引导的穿刺活检术；食管、胃底静脉曲张内镜治疗；消化道及呼吸道良、恶性狭窄的扩张及支架的释放；经皮内镜造瘘术(PEG)；肺灌洗，肺活检，经超声支气管引导的细针穿刺活检等。本学科率先在广西区内开展了内支架配合放射治疗食管癌的临床应用研究；EBUS-TBNA联合EUS-FNA在呼吸道和消化道肿瘤诊断和治疗中的临床应用研究；色素染色放大内镜在消化道早癌诊断和治疗中的应用研究。这些均极大的提高了我区消化道和呼吸道肿瘤的诊断、治疗水平。作为本院重点建设学科之一，科室承担及参与多项国家及省部级课题，同时承担了国家农村和城市消化道早癌早诊早治筛查的技术指导、督查及实施工作；开展了对消化道肿瘤胃、大肠癌及肝癌致病相关机制及内镜诊疗的临床应用研究，进一步丰富并完善了呼吸道和消化道肿瘤诊断和治疗新技术手段的理论体系及临床应用。所主持的相关科研项目获广西科技进步奖二等奖2项，广西科技进步三等奖2项，广西医药卫生适宜技术推广奖一等奖1项，二等奖2项，广西医科大学教学成果三等奖1项，全国超声大赛优胜奖1人，教研室教学比赛二等奖1人。同时本学科也非常重视与国内外的交流与合作，共派出4人次在美国、马来西亚、新加坡等国内外进修学习。承担了本学科本科生及留学生的教学，共培养博士研究生4人，研究生10名，在读硕博士研究生10名。在本专业期刊发表SCI论文10余篇，核心期刊论文60余篇。