中医科创立于上世纪五十年代，有着深厚的中医药文化底蕴。近年来，该科坚持传承创新，发挥中医药优势，积极打造"科有特色，人有专长"的亮点，一批具有理论基础扎实、医疗技术精湛、临床经验丰富的中青年技术骨干脱颖而出，形成了一支中医、中西医结合的人才梯队。现有淮安市名中医、主任中医师1人，主治中医师1人，中医师1人。在临床工作中，该科将传统中医药与现代科技相结合，药物治疗与心理治疗相结合，擅长运用中医经方、中西医结合和内病外治等方法，诊治内科及男科疑难杂症，尤其对胃食管反流病、消化性溃疡、萎缩性胃炎、溃疡性结肠炎、慢性肝炎、男女不孕不育、男性性功能障碍、慢性前列腺炎、慢性肾病、糖尿病、肿瘤等疑难病的诊治，经验独特，疗效显著，总结研制出"柴胡枳连汤"、"溃结愈汤"、"前列愈汤"、"生精胶囊"、"肿瘤1号"、"肿瘤2号"等多种系列验方和中药制剂，彰显了中医药特色和优势，为病员提供了高效优质服务，在群众中享有一定的知名度，得到了社会和同行的普遍认可。在省级以上刊物发表医学论文10多篇，参编中医药专著2部，荣获国家发明专利1项。