淮安医院病理科创建于1979年，经过三十多年的不断发展，现已成为具有较强人员配备、设备先进、技术全面、规模较完善的现代化病理专业科室。目前科室拥有多台奥林巴斯、莱卡（Olympus、Leica）显微镜、全自动组织脱水机、石蜡包埋及冷冻台、莱卡轮转切片机及冰冻切片机、标本冷藏柜、取材台、实验台、通风柜、病理图文数码工作站，现有工作人员7名，主任医师1名，主治医师2名，住院医师1名，技师3名。为医院各专业科室的患者提供优质病理检查服务。该科室开展的检查项目有：活体组织学检查、尸体检查、快速冰冻检查、细胞学检查（含液基细胞学检查）、免疫组织化学及特殊染色技术；年外检8000余例，细胞学检查5000余例，冰冻检查900余例，免疫组织化学检查100余例，业务收入近340万元。该科室承担本区及周边地区食管癌胃癌、宫颈癌筛查任务，配合临床医师开展科研工作，承担下级医疗机构的进修带教工作。建科以来，获淮安区科技进步二等奖1项，省级以上期刊发表论文数十篇。