外科实行首席外科专家统领下的学科带头人制度，首席外科专家有著名外科专家姚祖仁担纲。分设胸心外科学组、肝胆胰外科学组（含胆石症腹腔镜治疗中心）、胃肠外科学组、疝与血管外科学组。分别由秦旭东、林松主任、徐勇、周鸣剑副主任担任各学组学科带头人。肝胆胰腺外科是普通外科的重要分支，学科由主任医师、副主任医师、主治医师、住院医师组成的专业团队。侧重于肝胆胰腺外科的临床诊断与治疗，能常规开展胆道、复杂胆总管疾病；肝癌、肝血管瘤；脾功能亢进、门脉高压症；胰腺囊肿、胰腺癌的手术治疗。常规开展胆肠吻合、坏死性胰腺炎清创，以及腹腔镜下坏死性胰腺炎清创等外科治疗。胆囊方面，我们科附设腹腔镜胆结石治疗中心：于2001年在南通市率先开展腹腔镜胆囊切除技术，至今累计完成腹腔镜胆囊切除术6000余例，几乎无并发症发生，该技术在南通市处于领先地位，是我们的一大品牌。我们也先后开展了腹腔镜下胆总管切开取石，T管引流或胆道一期缝合技术，开展了有指征胆结石患者的切开取石保胆技术。我们专科拥有全套德国产全高清腹腔镜设备，有美国强生公司的全套超声刀设备，有日本奥林帕斯生产的全套胆道镜系统，为我们高质量的完成手术，特别是微创手术的高质量完成奠定了物质基础。近年来我们学组与上海华山医院肝脏中心的张浩教授合作开展肝脏手术（肝癌、肝血管瘤等），使患者在家门口享受到了上海高端的医疗技术服务。胃肠外科作为普外科的重要组成部分，历经几代人的艰苦奋斗、开拓进取，逐步成为拥有主任医师、副主任医师、主治医师和住院医师的完整梯队，具有重要影响力和深受周围群众欢迎和信赖的综合性学术团队。我科拥有固定床位15张，常年开展胃癌根治术、胃空肠吻合术、全胃切除术、胃大部切除术、右半结肠切除术、左半结肠切除术、直肠癌根治术、小肠切除吻合术、等高水平手术。尤其是近年来我科与上海市微创中心郑民华教授合作，开展腹腔镜下直肠癌根治术和直肠癌超低位保肛术，为许多直肠癌患者最大程度减轻了手术的痛苦，最大程度提高了术后生活质量，成为南通地区首屈一指的特色专科，使南通的大肠癌患者在家门口享受到上海甚至世界的一流的医疗技术。我科与时俱进，学术创新，以"尽心尽力"为医德要求，以"精益求精"为医术追求，成为许多胃肠疾病患者求医问药首选的诊疗科室。南通市中医院疝修补中心自2001年成立以来，成功治愈腹股沟疝，复发疝，切口疝，造口旁疝等各种类型5000余例患者，因创伤小，恢复快，复发率低，并发症少受到患者广泛认可，周边地区复发疝，复合疝等复杂病例来我中心手术者近年来呈明显上升趋势，近五年来我中心在原有充填式无张力疝修补微创手术的基础上，依托我院成熟的腹腔镜技术，逐渐规模开展腹腔镜下无张力疝修补手术，在整个地区的疝修补领域处于明显领先地位，为患者提供多种可供选择的微创手术方式。南通市中医院血管外科自2005年成立以来，成功治愈数千例血管疾病患者。运用腔内微波、泡沫硬化剂注射治疗下肢静脉曲张，运用下腔静脉滤器置入加下肢动脉置管溶栓术，术后中西医结合综合治疗下肢深静脉血栓；在下肢动脉疾病如动脉硬化闭塞症，糖尿病足等疾病的治疗上运用最先进的微创介入技术结合中医中药治疗提高了保肢率减轻了患者下肢疼痛；近年来我科与江苏省人民医院血管外科广泛合作，运用颈内膜剥脱术和颈动脉支架成形术治疗颈动脉狭窄，减少脑中风复发和预防脑卒中，成功运用腔内微创技术治疗腹主动脉、胸主动脉夹层动脉瘤等大血管疾病，挽救患者的生命，提高患者的生存时间及质量。