精神二科成立于建院初期，一直从事精神疾病的收治，除了诊治精神科疾病的常见病、多发病外，还收治并抢救精神病合并各种严重躯体疾病患者，酒精中毒性精神障碍等。承担双相情感障碍、儿少精神与心理障碍两个专病工作室。主要治疗手段包括：药物治疗，无抽搐电休克治疗，经颅磁治疗，集体及个体心理治疗，工娱疗等，承担南通地区及周边地区的心理卫生普及，心理疾病的诊断治疗，南通大学精神病学教学等工作。现开放床位114张，科室工作人员的共46人，其中医师8人，护士26人，护理人员12人，具有硕士研究生学历3人，高级职称4人，中级职称12人。