南通市第三人民医院消化内科建于1996年，是南通市临床重点专科（2006年起）。2012年被南通市科教兴卫工程评为市重点学科。2017年通过复评，再次被确认为南通市重点学科，南通市重点专科。科室在长期的临床实践中已逐渐形成了自己的专科特色，在慢性非病毒性肝病中西医结合治疗、门脉高压症的综合管理、胆胰疾病内镜诊治、胃肠早期肿瘤微创治疗、胰腺癌基础研究等方面尤为见长。消化内镜诊治中心拥有最先进的日本进口系列电子胃肠镜、超细胃镜、超声内镜及全套辅助治疗设备，除常规检查外，在市内较早开展了各种内镜下治疗，如早期胃癌、食管癌、大肠癌内镜下局部切除术、各种病因引起的食管贲门狭窄及术后吻合口狭窄的扩张治疗、放置食管支架、复杂食管、胃异物取出、胃肠道息肉内镜下摘除、消化道早癌诊治、POEM（经口内镜食管扩约肌切开术）治疗贲门失迟缓症、食管胃底静脉曲张组织胶，硬化剂治疗和皮圈套扎治疗等三级甲等医院省消化重点专科要求的检查治疗项目，在省市内较早开展了ERCP（经内镜逆行性胰胆管造影）及内镜下胆总管取石和超声内镜项目，小儿内镜检查和内镜下治疗市内领先，部分项目处于省内先进水平。近三年来自身免疫性肝炎、非酒精性脂肪肝的基础和临床研究已取得初步成果，并列为国自然基金、省卫计委、市科技局社会发展计划课题。专科设置包括有：消化内科门诊，病房，消化内镜中心，消化病实验室。