市三院皮肤科成立于1998年，市三院作为南通地区唯一一家市级传染病医院，国家住院医师规范化培训基地，皮肤科科研力量强劲，目前有国自然基金项目立项，2019年6月11日，市疾控中心皮防所医疗服务职能及部分人员整合至市三院，正式更名为"南通市皮肤病研究所"。整合后，科室分门诊和病房两部分，开展包括皮肤外科手术、常规活检、皮肤病理、真菌检查、性病实验室检查、光疗（窄谱UVB、308准分子光、红蓝光）、冷冻、皮肤美容（光子嫩肤、激光祛斑、激光祛瘢痕、激光脱毛、光动力治疗）、中医治疗等，在保持原有性传播疾病和感染性皮肤病方面诊治优势的基础上，进一步加强美容皮肤科、皮肤外科、中医皮肤科的大力发展。目前，科室有专业医师11名，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名，住院医师2名；博士生1名，硕士5名。2018年门诊量9万余人次。