南通市第三人民医院儿科是具有其特色的专科门诊，设置全面，专业涉及小儿呼吸、消化、心血管、泌尿系统及神经、内分泌、小儿感染性疾病。科室设有专家门诊（主任医师担任）、夜门诊、无假日门诊。科室现有儿科医师5名，主任医师2名，主治医师3名，所有出诊医师均为经验丰富、知识全面的儿科专科医师。本科室常规开展以下项目：小儿呼吸道疾病、小儿慢性咳嗽、反复呼吸道感染，中西医结合防治哮喘；小儿急慢性胃炎、肠炎、消化不良等疾病诊治；小儿急性肾炎、肾病综合征、过敏性紫癜、尿路感染；小儿过敏性疾病，可通过过敏原检测，查找过敏原，以助诊治。科室设有智能雾化中心，24小时服务于需要雾化治疗的患儿。科室建有宣教平台，开展健康知识宣教和儿童饮食、营养指导。