感染一科（六病区）位于四号楼一楼东侧，共有医生7人、护士12人，其中硕导1人，硕士5人。本科室有50余年历史，系苏北地区诊疗范围最广，也是南通地区唯一定点收治各种感染性疾病的科室。目前主要收治发热待查、各种疑难感染性疾病及急性传染病：流感、水痘、手足口病、猩红热、麻疹、流行性腮腺炎、疟疾、登革热、肾综合症出血热、猫抓病、感染性腹泻、恙虫病、伤寒、霍乱、风疹、神经梅毒、EBV感染、CMV感染、布鲁氏菌病、埃及血吸虫病等，以及突发公共卫生事件应急处置工作。重症传染病及感染性疾病的救治水平已达到省内先进水平、市内领先水平。感染性疾病及发热待查诊治技术已接轨上海华山医院感染科。本科对于慢性发热或发热原因不明的疾病，有国内外先进的诊断技术支持，如：各种体液的病原高通量基因检测（NGS），通过局部淋巴结活检/穿刺+分枝杆菌+T-SPOT+Xpert等方法明确淋巴结肿大病因，通过骨髓培养、NGS等明确血培养阴性的感染性疾病病因，进行骨髓涂片、活检及流式细胞检查筛查血液系统疾病等。本科长期与呼吸科合作进行纤支镜及支气管肺泡灌洗液涂片、培养及NGS检查；与普外科、皮肤科、病理科合作为可进行动脉血管活检、唇腺活检以及皮肤活检等操作。我科与上海华山医院感染科结盟，华山医院感染科定期派专家坐诊、会诊不明原因发热及各种感染性疾病患者，方便南通乃至苏北地区感染病患者就诊。