二院康复医学中心近年来先后被确定为南通市重点临床专科、市医学重点学科，与神经内科合为一个独立病区。该科设有物理、语言、作业、激光治疗室，针灸、推拿室，远程医学会诊中心、临床神经电生理检查室及神经科重症监护病房等。学科带头人沈晓明是江苏省康复医学会理事、南通市中华医学会神经内科分会副主任委员、市首批医学重点人才。1992年该科率先在本市开展脑脊液置换及微创技术，治疗"脑出血"和"蛛网膜下腔出血"。1998年又率先在本市对中风偏瘫患者开展早期正规康复治疗。对帕金森病、癫痫、睡眠障碍患者进行个体化治疗效果良好，尤其在急性脑血管病的诊治方面有独到之处。1999年成立了"南通市脑血管病康复治疗中心"。2006年，江苏省康复医学会与我院联手成立了"江苏省康复医学会南通康复中心"，由省康复专家定期坐诊和指导工作。康复中心成立以来，对偏瘫、脊髓损伤、小儿脑瘫、失语、吞咽障碍等疾病的治疗及残肢的安装都取得显著的效果。