胃肠外科是以诊治胃肠疾病、胃肠肿瘤为主的特色专科，人才梯队合理，拥有多名优秀专家。专科紧跟国内外医学发展步伐，在海门市率先开展微创外科手术，在南通地区保持领先地位。目前常规开展的诊疗项目包括：胃癌根治术、结部直肠癌根治术（包括低位直肠癌根治保肛术）、胃大部切除术、疝修补术、阑尾切除术、胃肠穿孔修补术等，年手术量几百台，腔镜手术成为专科特色。开展的腔镜手术包括腹腔镜下结直肠癌根治术、腹腔镜下疝修补术等各类手术均取得了良好疗效。团队成员在国家级核心期刊上发表论文多篇，多项课题获南通市科技进步奖、南通市卫生局新技术奖。