南通市肿瘤医院全新的内镜诊疗中心位于放射科2楼，占地1100余平方米，中心全新的现代化装修风格、科学合理的诊室布局、井然有序的就诊流程，处处体现着人性化的关怀。中心为满足患者的需求，配备了多种先进医疗设备设施，现拥有富士7000主机1台，奥林巴斯290主机2台，奥林巴斯260主机2台，PENTAX主机2台，电子胃肠镜、电子放大内镜、PENTAX超声内镜、富士SP-900超声微探头、氩气高频电刀2台、光动力治疗仪、射频治疗仪、C13幽门螺旋杆菌检测仪等。中心还配备内镜洗消中心和先进的追溯系统，保证每一位患者的检查安全。中心拥有一支实力雄厚的专业团队，其中内镜诊治专家13人(含主任医师5人，副主任医师5人);拥有专职内镜诊治医师5名，其中高级职称人员2名，中级职称人员1名;拥有专业护士9名、专业洗消人员3名。中心现开设胃肠镜诊疗室4间、支气管镜检查室2间及超声内镜检查室、复苏室、示教室、储镜室等。中心每年接待患者16000余人次，其中开展胃镜检查11000余例、肠镜检查4000余例、气管镜检查1000余例、各种内镜下治疗1500余例次，开展三类、四类手术500余例次，已成为集内镜诊断和微创治疗为一体的内镜诊疗学科。中心常规开展内镜下粘膜剥离术(ESD)、治疗消化道间质瘤(STER)、治疗贲门失迟缓症(POEM)、超声内镜下穿刺术(EUS-FNA，EBUS-TPNA)、ERCP、经皮内镜下胃造瘘术(PEG)、内镜下粘膜切除术(EMR)、光动力治疗、消化道息肉内镜下摘除术、内镜下止血术和内镜下置管术、消化道狭窄扩张及支架置入术、气管支架置入术、内镜下异物取出术等手术。作为国家城市癌症早诊早治胃肠镜体检基地，中心开展的放大染色胃肠镜检查技术，使得消化道早癌的检出率远远超过了我国的平均水平。