中心实验室（GeneralClinicalResearchCenter,GCRC）是南京市第一医院集科研、临床、教学于一体的科室，现为南京医科大学药理学、临床检验诊断学博/硕培养点及中国药科大学药理学博/硕培养点。实验室现有职工8名，其中博士7名，硕士1名；其中有高级职称3人，中级职称5人，其中2人有海外留学经历。实验室现占地面积约为800平方米，目前主要开展肿瘤标志物、肿瘤免疫、肿瘤预防及心血管药理学等领域的研究工作，现有价值1000余万元的仪器设备，包括三重四极杆液质联用系统、流式细胞仪、荧光定量PCR仪和全光谱酶标仪等设备。实验室现为医院研究生培养基地，每年培养研究生30余名。实验室科研主要研究方向为药物代谢与药物基因组学、肿瘤分子标志物筛选与鉴定及肿瘤免疫治疗研究。中心实验室目前进行的临床工作主要包括药物代谢相关基因组检测、术前核酸检测和自身免疫相关疾病的实验室诊断及病原体检测等。近年来中心实验室共获得国家自然科学基金10余项、江苏省自然科学基金3项及其他省市级科研项目30多项。近5年来发表SCI论文60多篇（年均10余篇），撰写英文专著3部，获得专利3项。实验室现有江苏省特聘医学专家1名、江苏省"333"高层次人才（第三层次）1名、江苏省卫生拨尖人才1名、十三五江苏省"青苗人才"3人及南京市卫生局"卫生青年人才第二层次"1名。