呼吸科组建于建院初，2006年7月1日独立成科。现为南京市中医重点专科，在职医护人员33人，正主任医师2名、副主任医师6名、主治及住院医师6人，博士生3人、硕士生6人。科室配有电子支气管镜、肺功能仪、无创及转运呼吸机、多导睡眠仪、血气分析仪、振动排痰仪、除颤仪等设备，常规开展纤维支气管镜诊疗术、CT定位下经皮肺穿刺术、无创正压通气等，诊疗病种包括肺部感染、慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺气肿、肺源性心脏病、支气管扩张、肺纤维化、肺癌、气胸、胸腔积液、呼吸衰竭和睡眠呼吸暂停综合症等。特别对慢支、肺气肿、慢性咳嗽、肺纤维化、肺癌等采取中西医结合治疗，提高疗效。院内有咳嗽合剂、桑杏合剂、杏桔合剂等多种自制制剂，在治疗呼吸道疾病中均有很好的疗效。科室坚持医、教、研并重。现承担中医住院医师规范化培训、南京中医药大学、南方医科大学本科实习带教和南京中医药大学《内科学》、《中医内科学》授课任务。每年均开展多次市民健康讲座和电台医学科普宣传。近10年来已承担省、市级科研课题4项，在医学核心期刊发表论文40余篇。