针灸科成立于1956年，1997年成为南京市中医重点建设单位；1999年成为江苏省中医重点专科建设单位，目前为江苏省中医重点专科、南京中医药大学附属南京中医院针灸推拿教研室、南京中医药大学国际教育学院针灸临床教学基地。近年来发展成为国家中医药管理局电子灸技术协作组组长单位；麦粒灸、火针、浮针技术协作组成员单位；国家中医药管理局"面瘫"、"肩周炎"临床路径协作组成员单位。科室历经50余年的建设、创新与发展，拥有一支技术精湛、团结协作、不断进取的专科学术创新团队，在医疗、教学、科研、科室规模、专业人员队伍、门诊接诊病人能力及诊治水平等方面处于国内相关领域领先水平。拥有25名临床医师，其中主任医师4人，副主任医师4人，主治医师6人，住院医师11人，其中博士研究生3人，硕士研究生14人，现有学科带头人1人，学科后备人才2人，市级名中医2人，区级名中医1人，硕士研究生导师5人，针灸科病区开放床位26张。目前，科室已经在针刺治疗颈肩腰部疾病、面瘫、单纯性肥胖、反流型食管炎、月经病和不孕症等方面形成了集诊断、治疗、康复、预防等为一体的规范化防治体系。科室还开展浮针、整脊、穴位贴敷（三伏贴、三九贴）、无烟艾灸、中药熏蒸疗法及耳穴压豆等特色疗法。长期承担境外留学生的国际针灸教育工作，在海内外享有较高的声誉，同时在白俄罗斯设立的莫吉廖夫南京中国传统医学中心协助当地医院开展针灸专业诊疗服务，在南京市政府"一带一路"项目建设中发挥了积极的作用。