疼痛科1992年2月以镇痛科名称开设门诊，2001年正式开设病房。2007年底在当时卫生部发文正式设立疼痛科诊疗科目后，在江苏省内第一批正式注册并更名为疼痛科。2018年底有医护人员30名，其中主任医师2名，副主任医师4名，主治医师5名，主管治疗师1名，治疗师2名，主管护师3名，护师和护士12名。南京鼓楼医院疼痛科是南京市重点学科，是中华医学会疼痛学分会第3临床中心。2008年成立了南京大学医学院疼痛解剖学研究室。疼痛科以微创穿刺技术为核心，以慢性疼痛为诊疗范围，包括头痛、骨关节疾患及其引起的疼痛、椎间盘退变突出引起的颈肩胸背痛和腰腿痛，带状疱疹及疱疹后神经痛和糖尿病神经痛，肿瘤疼痛以及手术后疼痛等。