东部战区总医院输血科前身是国民政府中央医院血库，创建于1948年，是国内建立最早的一家医院血库，1949年改名为华东军区医院血库，1984年成为独立建制的科室。2001年经总部批准，成为南京军区血液中心。经过60余年几代人的不懈努力，输血科现已发展成为集血液采集、临床供血、血液治疗和科研为一体的综合性科室。科室现拥有专业技术人员23名，其中博士生1名，硕士生2名。设备总值达1000余万元。2007年科室通过了ISO9000体系论证。现科室是中国输血协会血站管理委员会委员单位、全军输血管理委员会常务委员单位、江苏输血协会临床输血委员会主任委员单位、江苏省医学会输血分会副主任委员单位和南京军区输血管理委员副主任委员单位。