东部战区总医院前身为民国中央医院，早在上一个世纪40年代我院就已开展临床病理工作，1946年我国著名病理学专家吴在东教授（早年留学英国和德国）来我院主持病理工作，1953年正式成立病理科，，吴在东教授任主任，是当时国内医院中最早成立的病理科之一。经过60年的发展和建设，目前我科已发展成为国内同类医院中规模及专业水平较高，同时开展医教研全面工作的病理专业科室。2005年首批成为全军临床病理中心（全军目前仅有一个临床病理中心）。2011年和2012年连续两年荣获年度中国医院最佳专科声誉排行榜第八名（病理专科全军仅有解放军总医院和我院上榜，江苏省仅有7个专科排名全国前八）。2013年荣获年度中国医院最佳专科声誉排行榜第十名。目前，病理科占地面积约1400m2，下设诊断室、会诊室、技术室（取材室、制片室、免疫组化室等）、细胞室、电镜室、分子病理室、病理资料室、读片室及多功能会议室、尸检室等，专业配套齐全。拥有光学显微镜、石蜡切片机、组织包埋中心、全自动全封闭脱水机、标本处理盒书写仪、恒温冷冻切片机、自动盖片机、载玻片书写仪、超薄细胞检测仪等常规病理设备。还拥有全自动免疫组化染色仪、高分辨透射电镜(100万倍)、CCD（电镜图像处理系统）、进口超薄切片机、10人及5人共揽多头显微镜、实时定量PCR、FISH工作站等大型仪器设备。设备状况均完好，使用率高。资料完整，外科病理存档资料150余万件，尸检2888例，电镜标本33198件，教学标本1000余件。科室建立了病理检查及报告的计算机管理系统及数字病理平台，实现了病理检查及报告的信息化管理及远程病理诊断。