制剂科曾是我院药剂科的重要组成部分，后成为独立科室"生物制品科"，2000年5月更名为"制剂科"至今。制剂科总建筑面积为6153平方米，下设中药制剂一室（丸剂）、中药制剂二室（片剂、颗粒剂）、中药制剂三室（胶囊剂）、中药制剂四室（口服液）、灭菌制剂室、普通制剂室、药品检验室、中药前处理室、制剂库房、修理（制水）室、新制剂研究室等。在院党委的正确领导下，以"科学发展观"为指导，以"和谐的团队、合格的产品、一流的服务"为科室理念，确立了正确的发展目标，即注重紧密结合临床的高技术治疗平台，发展医院制剂；实施创新策略，多方面建立对外联合发展的战略决策；遵循医药市场的经济规律，积极参与市场竞争。目前已拥有国内医院制剂生产的先进设备，如完善的空气净化系统、二次反渗透纯化水系统、多效蒸馏水机、大输液全自动生产线、大容量制袋机及灌装机、制丸联动生产线、全自动胶囊填充机、平板式泡罩包装机、高效薄膜包衣机、全自动内热式灌装封尾机、自动单剂量液体分装机等，以及用于药品检验的高效液相色谱仪、紫外分光光度仪、全自动水分测定仪、全自动微粒检测仪、总有机碳分析仪、数码显微镜、智能溶出测定仪、万能材料试验仪、综合药物稳定性试验箱等。现已形成了以肾脏病研究所、普通外科研究所、神经内科、呼吸内科、肿瘤内科、消化内科、中西医结合科、皮肤科、儿科、耳鼻喉科等专科制剂为主体的产品结构，起到了与市场产品拾遗补缺、良性互补的格局，深受医生和病人的欢迎。共生产27种剂型，150多个品种，其中清肾丸、益肾丸、新肾炎胶囊、炎黄保肾胶囊、保肾片、复胆片、抑抗灵片、通塞益脑口服液等数十个独家制剂，在国内享有盛誉。生产规模及年产值均名列全国及全军医疗机构前列。2012年获军区"药材工作先进单位"称号。现有正式人员53人，其中高级技术职务2人；博士3人、硕士9人、本科26人。是南京中医药大学、南京工业大学、解放军第二军医大学的教学点基地，医院博士后学科培养点。有硕士研究生导师1名。现有主任药师1名、副主任药师1名、主管药师3名。近年来，先后获得军队科技进步三等奖4项、中国中西医结合学会科技三等奖1项、江苏省科技进步三等奖1项、江苏中医药科技三等奖1项；获得各类基金课题16项；发表SCI论文2篇，在中国科技核心期刊及中国科技论文统计源期刊发表论文100余篇，主编、参编著作10余部。获得授权发明专利2项。