南京大学医学院附属口腔医院综合二科成立于2009年，正式立名于2019年。目前位于医院2号楼2楼A区。科室开展牙体硬组织疾病、牙髓根尖周病;牙龈病、牙周病以及牙周牙髓联合病变;牙体及牙列缺损、缺失;牙槽外科疾病等口腔常见病、多发病的综合诊疗项目。拥有口腔综合治疗台16台及一批先进的口腔治疗设备和器械。科室为南京大学医学院口腔医学院"国际化综合临床教学中心"，承担南京大学口腔医学专业学生临床实习及国家级规培基地住院医师的培训，以及国际交流生的临床教学任务。