南京市第二医院结核科是结核病省级临床重点专科，也是江苏省卫计委指定的省级定点医院。承担江苏省及周边地区结核病的临床诊断及治疗工作，对江苏省内的同类医院和周边安徽省各市县的基层医院、综合医院的感染科、结核科形成了专业的引领和辐射；率先在全省常规开展结核菌培养和快速药物敏感实验以及结核菌分子检测技术，共获国家发明专利一项，实用新型专利一项，江苏省医学新技术引进一等奖；近年来承担多项国家重大传染病防治科技专项研究及国家级、省市级课题，逐步建立了包括实验室、影像、介入、临床等各个专科的人才梯队，在国内及省内知名度较高，成功运用影像学、免疫学、分子生物学、病理学等手段，联合气管镜检查、经皮穿刺肺活检、胸腔镜等技术对疑似结核病患者进行诊断及鉴别诊断；对耐药肺结核采用多学科综合性治疗如化疗加气管镜下注药、经皮穿刺注药、个体化方案治疗、中医中药以及免疫治疗等，达到国内领先地位；对肺结核合并大咯血病人行血管介入栓塞治疗，对肺结核合并糖尿病、HIV、肾病等免疫缺陷人群，重症结核病如肠结核、气胸、循环呼吸衰竭、休克等的治疗及重症维护，采取多学科协作诊疗的模式，取得良好的疗效，达到国内领先水平。专科的人员结构、梯队建设布局合理;从基础到临床转化，从临床诊疗到早期诊断，临床治疗从无差别的治疗到分层和精准治疗，以适应时代需求临床需要。