南京脑科医院为江苏省医保中心、南京市社保中心、省/市/区干部保健及全国异地医保就医定点医疗服务机构。医保办作为医院行政职能部门，于2005年成立，共有工作人员6名。对外负责与各级医保管理部门沟通及协调、医保基金结算及医保患者就医问题；对内负责宣传及执行医保政策，监督医保基金的合理使用。二、工作职责（一）负责与各级医保部门的沟通及协调工作，及时掌握医保政策。统计及分析医保数据、信息及运行情况，实施各类医保结算工作。（二）深入临床宣传医疗保险政策，及时解决院内医保政策执行中的问题，规范医保基金使用，维护参保患者利益。（三）对医保患者做好医保政策宣传、咨询工作，并于门诊一楼设有"医保审核"专用窗口，协调解决其就医问题，保证医保患者的知情权、选择权。（四）加强异地就医管理服务工作，明确异地就医管理流程,协助医保患者办理转诊转院手续，为异地就医参保患者提供合理的医疗服务及医保政策予以保障。三、获得奖项和荣誉（一）2009年度荣获"江苏省公费医疗定点医院服务管理先进单位"。（二）2011年度荣获"江苏省公费医疗定点医院服务管理先进单位"。（三）2012年度荣获"江苏省公费医疗定点医院服务管理先进单位"。（四）江苏省医疗保险研究会医院医保专委会授予"2017年度医院医保工作先进集体"。