南京市第二医院血液科目前有三个病区共85张床位。血液病研究室包括细胞形态室、流式细胞仪室、细胞遗传学室、分子生物学室、细胞生物学室、出血实验室、干细胞实验室等。具有流式细胞仪、IlluminaMiseq测序仪、高级PCR扩增仪以及荧光显微镜及其染色体、荧光原位杂交（FISH）软件分析系统等先进、完善的设备。特色医疗全面采用细胞形态学/细胞化学、多参数流式细胞术、染色体核型分析、分子遗传学、常规分子生物学以及最新的二代测序等高通量分子生物学技术结合临床对血液病精准诊断、分型、预后评估、病情监测，并根据患者的临床生物学特征采用规范化、标准化、个体化、精准治疗策略。以感染性疾病合并白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、骨髓衰竭性疾病为发展重点方向，化疗相关骨髓衰竭在区域有一定影响。