早在20世纪90年代，南京医科大学第二附属医院就开展了以心脏瓣膜手术为主的心血管外科手术，是南京市较早开展心血管手术的单位之一，近年来更在先天性心脏病救治、冠脉搭桥、主动脉夹层治疗方面取得了不错的成绩。2014年初，南京医科大学和南医大二附院为了发展心血管外科专业，从南京市鼓楼医院成建制引进相关专业团队至二附院工作，他们包括以李庆国主任为首的心血管外科团队、以姚昊博士为主的麻醉、体外循环及ECMO治疗团队、以邵峻博士为首的心血管介入治疗团队以及以牛常明博士、汪露护士长为主的术后监护团队，从而在短期内组成了一个成熟的、高水平的心血管外科团队。同时医院和学校整合了专业人才及资源，将南医大及附属医院相关科室优势结合，组建了真正意义上的心血管中心，为领先江苏、华东，乃至跨入全国大型心血管病中心搭建了一个快速发展的创新平台。南京医科大学第二附属医院心脏大血管外科发展独具特色，心血管内科、外科以及相关科室的一体化为患者提供一个以患者及病情为中心的最佳治疗方案。此外，导管室、手术室以及术后监护病房紧密相连在物理空间方面为患者的治疗提供最佳流程及安全性。国际一流的医疗设备为心脏病治疗提供最有力的保障，包括飞利浦DAS系统、MAQUET体外循环设备、飞利浦心脏超声设备以及术中三维经食管超声系统、ARROW的主动脉球囊反搏系统、MAQUETECMO系统、无创心排量监测仪、体外膜肺氧合技术(ECMO)、床边肾替代治疗（CRRT）等。此外，中心内各个专业带头人及主要成员均有海外包括美国麻省总医院、美国梅奥诊所医院、美国宾大医院等国际高水平心脏中心长时间学习经历，掌握国际最新诊疗技术为患者服务。科室引进适合中国人的台湾病房管理、护理及服务经验，为患者提供一个合理、舒适的就医及住院环境。因此，南京医科大学第二附属医院心脏大血管外科是江苏乃至华东地区唯一一家融合心脏内科、心脏外科、血管外科、监护病房、麻醉、体外循环、术后护理、心电图、心脏超声、心脏电生理、导管室等相关专业为一体的中心，中心通过医疗资源的优化配置，旨在为心血管病患者提供真正意义上的一站式服务。中心秉承"一次接诊、终身服务"的宗旨，对在本中心接受手术治疗的患者，术后将建立档案，有专业医生定期给予回访，随时提供医疗咨询和指导服务，尽可能保障手术的远期效果，帮助患者提高术后的生活质量，充分体现了"视病犹亲"的医疗服务原则。近年来，南医大二附院心脏大血管外科在先天性心脏病的治疗方案成绩斐然，中心积极开展"心佑工程"活动，在新疆、青海、苏北多地救助了大批的贫困先心病患儿。医院在2015年7月被江苏省卫计委确定为先天性心脏病定点治疗单位，新农合参保患儿可享受70%-90%的报销比例。2016年，中心开展先天性心脏病手术一百余例，无一例死亡，在省内享有较高声誉。