南京市胸科医院呼吸内科经过几代人的努力，建立了较为完备的符合现代呼吸病学格局的呼吸与危重症医学体系，是南京市呼吸系统疾病临床重点专科。学科在呼吸系统疾病临床诊治、医学基础研究和转化医学等方面取得了较为显著的成绩，在华东地区享有较高声誉和学术地位。形成了肺部疑难疾病诊治、呼吸病介入诊治、胸部肿瘤多学科诊治等学科诊治特色，建立了以"疾病"为中心的团队诊治模式，达到了国内领先水平。呼吸内科是东南大学医学院呼吸内科专业硕士培养点。学科现有硕士研究生导师12人，主任医师、教授16人，博士7人，在读博士6人，研究生以上学历者在医生总数中占97％。学科开放床位219张，是江苏省最大的呼吸系统疾病诊治中心。呼吸内科主任由林勇教授担任（林勇系中华医学会呼吸分会呼吸治疗学组委员、江苏医学会呼吸系病学会副主任委员、江苏医学会呼吸分会呼吸危重症学组组长、南京医学会呼吸分会副主任委员）。经过长期发展，呼吸内科形成了显著特色与优势：⑴慢性阻塞性肺疾病;⑵支气管哮喘与慢性咳嗽;⑶呼吸系感染与新发呼吸道传染病;⑷肺栓塞与肺动脉高压，肺心病;⑸间质性肺疾病;⑹呼吸衰竭与呼吸支持技术;⑺烟草病学与烟草依赖治疗。南京市胸科医院院呼吸内科已经与国内外医学机构建立了密切的联系。与国内呼吸病学领域有关医学中心建立了良好的业务协作关系，对基层医疗单位进行了广泛的技术辐射和支援。胸部疑难杂症的诊断和治疗是呼吸内科的一大特色。在多年的临床实践中形成了一整套行之有效的胸部尤其是肺部疑难杂症的诊断及治疗方法。收治的疾病中，除了常见的慢性阻塞性肺病、肺部感染、支气管扩张、咯血、支气管哮喘、肺脓肿、肺结核、肺部结节、肺癌、胸腔积液气胸、矽肺、呼吸衰竭、睡眠呼吸暂停低通气综合征等外，每年还收治各种呼吸系统疑难疾病数百例，包括变应性支气管肺曲霉病，结节病巨大气管-支气管征，IgG4相关性疾病，CTD-ILD，朗罕氏细胞组织细胞增生症，肺泡蛋白沉积症，结节病，肺淋巴管平滑肌瘤病，侵袭性肺真菌病，黏膜相关淋巴瘤，结节病，过敏性肺泡炎，肺血管炎，淀粉样变，隐源性机化性肺炎，免疫缺陷人群的肺部感染性疾病，肺栓塞，间质性肺炎、肺隔离征等。在胸部肿瘤诊治方面，通过痰液及胸水脱落细胞学检测、经纤维支气管镜活检、经纤维支气管镜肺针刺、活检、超声内镜、CT引导下经皮肺穿刺活检，外周血及活检标本分子生物学和相关肿瘤标志物检测，同位素，PET等手段，建立了较为成熟的多学科综合诊断模式，使肺癌患者得到及时、科学的规范化治疗。在和胸外科的有效合作下，早期肺癌的诊治享誉华东地区。呼吸内科由八个部分组成：⑴呼吸疾病医疗部（由6个病区组成，各个病区特色鲜明）;⑵呼吸疾病研究部，具有完备的专业化临床和基础研究平台（中心实验室）;⑶戒烟与呼吸疾病预防部，着重从戒烟角度预防呼吸疾病;⑷临床呼吸睡眠监测中心；(5)呼吸疾病相关介入诊断及治疗中心；(6)呼吸道慢性疾病的中西医结合施治；(7)呼吸系统疑难疾病鉴别诊断及治疗中心；(8)矽肺及肺泡蛋白沉积症的灌洗中心。以上建制使呼吸中心集呼吸疾病的预防、诊断、治疗，内科与外科，西医与中医，基础与临床研究，研究与开发，教学与人才培养等系统功能于一体，搭建了完备的、多学科立体交融的现代呼吸学科体系，也广泛带动了医院相关学科群的发展。