儿科1995年成立病区，与南京医科大学第二附属医院、南京儿童医院组建成立医疗联合体，设有儿科病房、门诊及儿科急诊，技术涵盖小儿呼吸、消化、肾脏、血液、神经、心理等多系统，诊疗儿童常见病、多发病、危重疑难疾病。现有核定床位数49张。年门急诊量15万人次左右，年住院患儿3000余人次，现有主任医师2人，副主任医师5人，主治医师3人，住院医师3人。已开展技术：过敏源皮肤点刺试验、血液特异性IgE检测、呼出气体一氧化氮（FENO）测定、C13呼气试验、肺功能测定、食物过敏源快速检测、小儿胃镜、小儿矮小症及性早熟激发试验、多种形式的药物吸入治疗技术、危重儿童呼吸支持技术（无创CPAP、机械通气）及营养支持技术、联合呼吸科开展大年龄儿童气管镜检查及治疗。科室特色儿科特色之一：儿童哮喘及慢性咳嗽的规范化诊治开设专病门诊，开展哮喘相关各项检查，对哮喘儿童进行规范化诊疗和管理，建立哮喘档案。成立哮喘之家交流微信群，随时与专家交流。儿科特色之二：儿童心理咨询开设儿童心理咨询门诊，对儿童青少年各种心理问题、情绪障碍、睡眠障碍等进行咨询与指导。儿科特色之三：中西医结合治疗各种常见病如刮痧、针灸、推拿等绿色疗法治疗小儿发热、腹泻、厌食以及斜颈等疾病，疗效显著。儿科特色之四：性早熟、矮小症的规范化诊治常规开展矮小、性早熟、胰岛素、C肽释放试验等内分泌相关检查，开设儿童生长发育门诊，规范化诊治儿童性早熟、矮小症等疾病。儿科特色之五：癫痫、多动症、抽动症的规范化治疗常规开展普通脑电图、视频脑电图及动态脑电图及药物血药浓度检测技术支撑下，行癫痫的规范化及个体化治疗。