急诊科开设内科、外科、妇科、儿科、骨科及五官科，设有医疗区和支持区。医疗区包括分诊处、内外妇儿诊室、治疗室、处置室、抢救室、急诊观察室、急诊病房、急诊重症监护室；支持区设有急诊挂号室、急诊药房、急诊收费处、急诊放射科、急诊B超室。医疗区和支持区合理布局，根据急诊救治需要，急诊科配备有心电监护仪、心电图机、全自动洗胃机、除颤仪、有创呼吸机、无创呼吸机、血液净化机、可视喉镜等设备，并设置了中医综合处置室，配备针灸针、艾条、刮痧板、火罐、中药外敷灌肠等设备，并保证24小时中药饮片或中药配方颗粒服务。急诊科目前共有医护人员38名。急诊科学科带头人刘克琴，中西医结合临床专业硕士，主任医师，长期从事急危重症临床及基础研究，擅长心脑血管急重症的抢救、重症感染的诊治及危重病人血流动力学、呼吸力学的管理。在床边超声快速筛查呼吸困难病因、休克患者的血流动力学管理和血液净化等方面有一定研究。先后主持承担南京市科技局、江苏省中医药管理局等课题。江苏省第二中医院急诊科在西医急救的基础上，充分发挥中医药在中毒、严重感染、胃肠功能障碍等方面的优势。