药学部下设制剂室、药检室、临床药学室、门诊中西药房、中心药房等十个部门，负责全院的药品采购、调配及合理使用。现有人员60名，其中正高职称4名、副高职称7名、中级职称19人、初级职称30人；市医学重点人才2人。科室连续8年被评为"连云港市不良反应监测先进单位"。首批江苏省中医医院中药房建设项目单位，并被南京中医药大学评为首批药学类"优秀实习基地"。近年来连续获得江苏省青年文明号、市巾帼文明岗、市巾帼标兵岗、院先进科室、综合目标一等奖、二等奖等荣誉称号。获全国品管圈大赛优秀奖、江苏省医院品管圈项目最佳执行奖。2015年医院投入资金约500万元，对制剂室全面升级改造并通过江苏省药监局验收。我院制剂室始终遵循"突出中医特色，完善综合服务"的发展理念，着力推动特色中医专科专病的制剂发展。我院拥有疗效确切，质量可控的制剂注册品种89个，均取得了江苏省食品药品监督管理局制剂批准文号。其中柴龙解郁丹、橘茴排石颗粒剂二个中药制剂品种拥有国家专利，以我院中药制剂临床评价及质量控制为中心的省市级科研项目达30项，其中三项科研分别获得江苏省中医药科学技术三等奖，11项相关中药制剂科研成果分获连云港市科技进步二等奖、三等奖。此外，临床中医中药外治特色医疗如小儿腮腺膏，小儿暖脐膏，消炎一号膏等外用纯中药制剂，因中医特色突出，疗效显著，也得到了病人的肯定。院内制剂在中医药集团内推广和应用。药学部为我市首批开展临床药学工作的单位，经过多年的努力，已建立了一支高层次的临床药师队伍，现有专职临床药师5人，临床药师日常参与查房、参加病例讨论和临床会诊等工作。对临床用药方案实施重点病人监护，与医师协商优化给药方案。同时通过工作站审核医嘱、及时分析用药并向临床提示有价值信息等，实施了临床药师疑难病例讨论制度。并定期监测我院抗菌药物的合理使用，向全院通报监测结果。通过开通电话咨询，编辑药物信息等为全院临床医师、护士和患者提供广泛的药学服务。