呼吸内科成立于1983年，2001年成为扬州市重点临床专科。根据医院一院两区和一科两部的布局，呼吸内科分为东区和西区两个呼吸内科病区，设有呼吸专科床位90张。同时设有呼吸病研究室，支气管镜诊断及介入治疗中心，多导睡眠呼吸监测中心，肺功能室和门诊呼吸病综合治疗室。2001年12月和2009年9月在扬州地区率先成立了慢性阻塞性肺病(COPD)防治中心和戒烟门诊及无烟病房。设有5个亚专科：肺癌，支气管镜介入诊治，肺部感染性疾病，慢性气道性疾病和睡眠障碍及呼吸危重症。目前专业人才集中，医师组17名，其中主任医师6名，副主任医师6名，主治医生4名，住院医师1名。17名中均为本科以上学历，其中医学硕士11名，在读博士3名。年专科门诊量38000人次，年收住院病人3500人次。呼吸科拥有日本产Olympus电子支气管镜及超细电子支气管镜4台，内科电子胸腔镜1台，日本产带显像系统OlympusP30纤维支气管镜2台，埃尔博冷冻仪1台，埃尔博氩气治疗仪1台，内镜清洗中心2套。德国耶格公司产Jaeger肺功能仪2台。伟康BiPAP-vision呼吸机4台。德国产多导睡眠监测仪1台。科室规范化诊断和治疗呼吸系统疾病的常见病，多发病以及疑难、危重病的诊治：支气管哮喘、肺部感染性疾病、肺部间质性疾病、胸腔积液、肺癌的早期诊断和肺癌的综合治疗，同时开展睡眠呼吸监测诊断及治疗阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征。呼吸科为国家住院医师规范化培训基地，承担着扬州大学医学院本科班的临床理论课的教学工作，还承担着扬州大学医学院，东南大学医学院，南京医科大学等多所院校的临床医学、护理的本科生及大中专生的毕业实习的教学工作。能积极指导县市级医院及基层医院的临床医疗工作，解决基层医院的疑难危重病人的诊治，并先后成功的多次举办了江苏省省级继续医学教育项目学习班。