新生儿病房成立于1982年，1996年成立新生儿科及新生儿重症监护中心，目前年收治住院患儿1200人次左右。本专科拥有床位36张，其中新生儿重症监护（NICU）病床12张。现有医护人员34名，其中高级专业技术职称（副）主任医师4名、（副）主任护师5名，硕士研究生导师1名、博士1名、硕士研究生7名。本专科配备新生儿转运专用救护车、德国产苏菲高频常频一体新生儿呼吸机、德国产西门子常频呼吸机、美国GE保暖箱、NCPAP无创呼吸机、移动式床边摄片机、美国进口血气分析仪及微量血糖仪、空氧混合装置等专业设备。在新生儿常见疾病及疑难、危重疾病诊治方面形成了系统的诊疗规范，可以常规开展新生儿科常见技术项目，在本市率先应用CPAP、常频与高频机械通气呼吸支持抢救呼吸衰竭、采用肺表面活性物质治疗新生儿呼吸窘迫综合征、外周动静脉同步换血治疗技术治疗重度高胆红素血症等；在早产极低体重儿开展经外周血管中心静脉置管、脐静脉置管；与小儿外科合作参与围手术期管理；应用脑功能监测仪诊断新生儿脑损伤；常规开展高危儿的门诊随访工作。2013年成功救治出生体重800克、胎龄27周的超低出生体重儿，随访生长发育良好。2003年起开展本市及周边地区危重儿的转运。近3年在省级以上专业杂志发表论文40余篇，有2项省市级科研课题在研。获省卫生厅新技术引进二等奖一项、市级科技进步奖5项、省科技进步三等奖（第三完成人）1项。作为扬州大学附属医院，参与扬州大学医学院本科班临床教学，并担负外国留学生临床带教工作。作为国家级住院医师规范化培训教学基地，负责儿科住院医师规范化培训，同时担负南京医科大学等多所医学院同学的实习带教工作。每年通过继续教育项目，面向基层医院开展技术培训及学术讲座。每年接受各级医院医生进修数名。重视在职人员培训、深造。科室是江苏省青年文明号单位，护理组曾获扬州市青年职业创新技能儿科护理组一等奖，江苏省儿科危重症护理专科护士培训基地。科主任曾获省"百佳医德标兵"、"扬州市青年科技人才"等称号；科护士长是"全国三八红旗手"、全国卫生系统道德建设标兵、"江苏最美巾帼人物"。