小儿外科1976年成立专业组，2000年正式确立编制为小儿外科（二级科室）。目前小儿外科正式编制人员6人，副主任医师1名，主治医师4名，住院医师1名，床位编制为东区14张床，西区为10张床，共床位24张，年收治病人1000余人次，手术800余例，年增长率约10-15%。儿外科主要承担扬州地区小儿外科疾病诊疗工作，开展小儿普外科、小儿心胸外科、小儿泌尿外科、新生儿消化道畸形等常见病、多发病的诊断和手术治疗。并承担医院住院医师规范化培训及进修医师带教工作。从2001年起开展先天性心脏病体外循环直视下手术。2005年起开始开展小儿腹腔镜手术，2013年6月全面开展。拥有专科使用的高清腹腔镜成像系统，目前已完成小儿腹腔镜手术千余例，手术量占小儿普外科手术量50％以上。