1998年成立输血科为医院一级临床业务科室，由宫济武主任担任科室主任。其前身是1965年成立的检验科血库。输血科自建立以来将始终以病人为中心，全年无休，7×24小时全天侯热忱服务于临床。在北京医院输血管理委员会的领导下，始终秉承科学评价临床用血、合理用血的管理理念。用优质的管理保障了高干保健用血任务。2002年至2006年在北京市卫生局血液管理处领导下成立"临床输血质量控制专业委员会"，设立"北京市输血质量检控中心""承担全市临床输血质量管理工作，北京医院输血科为主任单位。2003年在全市开展临床输血相容性检测室间质量评价工作，成为全国首家在省、市级建立此评价项目的单位。2006年8月18日在北京市卫生局医政工作会议上，金大鹏局长宣布成立"北京市临床输血质量控制和改进中心"承担全市临床输血质量管理工作，并正式挂靠在卫生部北京医院输血科，并向王建业副院长颁发牌匾。2008年输血科与卫生部临床检验中心合作，开展全国临床输血相容性检测室间质量评价项目，并承担本项目的制备与技术支持工作。科主任：宫济武